辞职时公司扣除在职期间工伤保险，会给劳动者带来法律风险，具体如下：
1、经济损失风险：若公司扣除应由其承担的工伤保险费用，劳动者将直接受损。例如员工小王工作期间公司正常缴纳工伤保险，辞职时公司却以扣工伤保险为由扣其500元工资，这500元就是损失。
2、维权困难风险：若未及时收集工资条、社保缴纳记录等证据，后续维权时难以充分证明公司扣工伤保险的行为，可能导致维权失败。比如小李辞职后发现被扣除工伤保险，却因未保留工资条和社保记录，向劳动部门投诉时因证据不足难以维权。
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处理辞职时公司扣在职期间工伤保险问题，劳动者要避免以下错误操作：
1、默默忍受不维权：部分劳动者辞职后选择忍气吞声，这会使自身权益受损，还可能助长公司侵犯其他员工权益。
2、采取过激行为维权：协商不成时采取吵闹、威胁等过激行为，不仅无法解决问题，还可能因违反治安管理规定承担责任，得不偿失。
3、证据收集不全或不及时：未及时或完整收集劳动合同、工资条、社保缴纳记录等关键证据，会在维权中处于不利地位，可能导致维权失败。
若不确定处理方式是否正确，或维权遇困难，欢迎咨询我为您提供专业指导。
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处理辞职时公司扣在职期间工伤保险问题，需注意以下特殊情况或例外情形：
1、员工与公司签订自愿承担工伤保险费用的协议：若员工入职时与公司签订自愿承担部分或全部工伤保险费用的协议，辞职时公司可能据此扣除费用。但该协议因违反法律规定（工伤保险由用人单位缴纳）可能被认定无效，不过协议的存在会使问题处理更复杂，需先认定协议效力。
2、公司因员工过错造成工伤保险费用额外支出：例如员工在职期间因故意或重大过失导致工伤事故，使公司需承担超出正常范围的工伤保险相关费用，公司可能要求员工承担部分赔偿责任。但这并非扣除在职期间正常缴纳的工伤保险费用，而是基于员工过错的赔偿，二者性质不同。此时公司需有充分证据证明员工过错及费用额外支出情况，否则不能随意扣除。
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辞职时公司扣在职期间工伤保险是否合法，可从法律依据明确：
《中华人民共和国社会保险法》第六十条规定：“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。”
工伤保险属于社会保险，根据该条规定，用人单位有义务为职工缴纳工伤保险费，且职工个人不缴纳。因此，员工在职期间公司缴纳工伤保险是法定义务，辞职时公司扣除该费用无法律依据，不合法。

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